A zürichi tanács most már végleg elvesztette a türelmét. 1526. március 7-én úgy határoztak, hogy akit „újrakeresztelésen” kapnak, halállal kell bűnhődnie vízbe fojtás által. Innen a mozgalom üldözőinek cinikus jelmondata: „az anabaptista eretnekség ellen a legjobb módszer a harmadik keresztség”. 1527. január 5-én Felix Mantzon hajtották végre először az ítéletet, a várost átszelő Limmat jeges vizében. Zürichben és a környékén az anabaptista mozgalmat négy éven belül felszámolták. A vértanúk története monumentális krónikájának, a Mártírok Tükrének anabaptista szerzője így kommentálja az eseményeket: „Bizony siralmas, hogy akik röviddel azelőtt sok tekintetben megtisztították magukat a pápaság kovászától, és ellenálltak a pápai zsarnokságnak, most mégis a pápistákkal egyesültek abban, hogy üldözték azokat, akik nem ugyanabban hittek, mint ők.”
Svájcból sok üldözött Németországba és Ausztriába menekült, de a ki­látásaik ott sem voltak rózsásabbak. 1529-ben a speyeri birodalmi gyűlésen az anabaptizmust hivatalosan is mindenütt halállal sújtandó eretnekségnek nyilvánították. Luther eleinte helytelenítette az anabaptisták Zwinglitől elszenvedett üldöztetését, de az évek során – nem ők voltak az egyetlen ilyen csoport – ő is mind ellenségesebb lett feléjük. A speyeri döntést szó nélkül hagyta, 1531-ben pedig már támogatta a blaszfémia halálbüntetését, a „hamis tanítást” is annak tekintve. 1536-ban Melanchton memorandumot szerkesztett arról, hogy miként kell bánni az ananaptistákkal. Bár különbséget tett a békés és a forradalmár anabaptisták között, mindkét csoportra halálbüntetést követelt – Luther pedig aláírta. A reformáció éveiben ezrével végezték ki a mozgalom követőit – katolikus felségterületen az eretnekek számára fenntartott halálnemmel: máglyán (Blaurock sorsa is ez lett Tirolban, még a gyűlés évében), protestáns környezetben pedig pallos vagy vízbe fojtás által.
Az első két évben a földalatti mozgalom szinte összes vezetőjét elvesztette, igen erős missziós buzgalmuk következtében mégis több száz kilométeres körzetben terjedt a kiindulópont körül. Egy huszadik századi szellemi örökösük szavaival sokszor a „menekülő evangélizáció” módszerét kellett alkalmazniuk, ami annyit jelent, hogy miután az egyik helyen prédikálták az evangéliumot, már menekültek is a másikra az üldözők elől.